เปลือกลำต้นมีสีเทาเรียบเป็นร่องตื้น เนื้อไม้แข็ง มีสีขาวแกมเหลือง และมีกลิ่นหอม โคนต้นและกิ่งก้านมีหนามแหลม ยาว แข็ง ออกเดี่ยวหรือเป็นคู่ตามกิ่ง ใบประกอบแบบขนนก ใบย่อยรูปไข่หรือรูปหอกมี 3 ใบ มองดูคล้ายตรีศูลของพระศิวะ ดอกสีขาวหรือขาวอมเขียว มีกลิ่นหอม ผลมีเปลือกแข็งเรียบและมีเส้นผ่านศูนย์กลาง 5-15 เซนติเมตร บางผลมีเปลือกแข็งมากจนต้องกระเทาะเปลือกออกโดยใช้ค้อนทุบ เนื้อผลเหนียวข้น มีกลิ่นหอม และมีเมล็ดจำนวนมากแทรกอยู่ในเนื้อผล โดยเมล็ดจะมีขนหนาปกคลุม
การรดน้ำ รดน้ำให้ชุ่ม 3 – 5 วัน แต่ควรระมัดระวังอย่าให้แฉะจนเกินไป เมื่อต้นมะตูมเริ่มเจริญเติบโต แข็งแรง นำต้นมะตูมไปจัดวางบริเวณกลางแจ้งเพื่อการเจริญเติบโตที่ดี